El 14 de mayo de 1858, el gobernador Cornelio Moyano, con el fin de fijar una nueva división territorial en varias localidades y poblaciones de campaña "para atender al servicio civil", creó el Departamento de Guaymallén con San José como primer distrito y cabecera departamental.
El primer subdelegado, elegido por el ejecutivo provincial, fue Juan de Dios Serra. Por aquel entonces, solo existían tres distritos: San José (cabecera), Capilla del Rosario y El Carril.
Hacia 1895, se promulgó la reforma de la Constitución Provincial, en la cual se les otorgó a los municipios el derecho de elegir a sus autoridades, dividiendo estos organismos en dos cuerpos: uno unipersonal ejecutivo (intendente) y uno colegiado deliberativo (el Honorable Concejo Deliberante). En Guaymallén, resultó electo Emilio Moyano Aguirre como primer mandatario y Justo López de Gomara como presidente del HCD.
El 17 de julio de 1898, durante la gobernación de Emilio Civit y por iniciativa de Justo López de Gomara y el intendente electo Silvano Rodríguez, se inauguró oficialmente la "Nueva Villa", junto con el edificio municipal. Los usos y costumbres convirtieron, posteriormente, el nombre de la cabecera departamental en "Villa Nueva". Allí surgieron los distritos Jesús Nazareno, Dorrego, San Francisco de Monte, Pedro Molina, Rodeo de la Cruz, El Bermejo, El Sauce, Buena Nueva y Los Corralitos.
En pleno siglo XX, durante la denominada Revolución Libertadora en 1957, el municipio realizó una nueva cartografía, dando origen a Belgrano, Nueva Ciudad, Colonia Segovia, Kilómetro 11 y Kilómetro 8. Con el retorno a la democracia, surgieron los distritos más jóvenes: La Primavera y Las Cañas (1985), Puente de Hierro (1993) y, por último, Colonia Molina (2014).